Arti warna
a. Hijau : Kedamaian
b. Kuning : Kemuliaan dan kebesaran jiwa
c. Merah : Semangat dan keberanian
d. Putih : Kesucian dan ketulusan
e. Hitam : Ketegasan dan kelugasanIsi dan Makna Lambang:
a. Bingkai persegi lima melambangkan rukun Islam dan Pancasila mengandung maksud bahwa STISS Grobogan berasaskan Pancasila dan sebagai lembaga pendidikan Islam yang mengupayakan bahwa setiap personil yang terlibat di dalamnya akan memiliki komitmen untuk menjalankan lima rukun Islam
b. Lekukan bingkai berjumlah sembilan mensimbolkan Walisongo dengan harapan bahwa dalam perjalanan dan perkembangannya STISS Grobogan dapat meneladani Walisongo dapat bertindak dengan menggunakan prinsip-prinsip dakwah yang dikembangkan Walisongo
c. Dua tunas kelapa mengandung maksud dan harapan bahwa setiap organ dan personilyang ada dalam naungan STISS Grobogan Selo dapat memiliki peran dan kemanfaatan bagi lingkungan, sebagaimana simbol tunas kelapa yang setiap bagiannya memiliki kemanfaatan bagi kehidupan manusia
d. Dua petir berwarna merah merupakan simbol semangat dan keberanian untuk memegang teguh kebenaran sekaligus juga menjadi simbol dari pendiri desa Selo, Kyai Ageng Selo yang dikenal sebagai Sang Penangkap Petir
e. Dua bambu runcing penyangga bintang merupakan simbol semangat juang yang tak pernah padam untuk mencapai cita-cita, untuk meraih bintang.
f. Pena melambangkan semangat untuk senantiasa mengikut ilmu dengan cara menuliskannya
g. Kitab terbuka menjadi simbol bahwa belajar harus senantiasa dilakukan, tidak boleh mudah puas dengan ilmu yang dimiliki
h. Tulisan as-sunniyyah dalam bahasa Arab di kitab terbuka merupakan nama identitas diri yayasan sekaligus harapan bahwa semua yang terlibat dan berada dalam naungan Yayasan Sunniyyah benar-benar menjadi orang yang mengikuti sunnah Rasulullah Saw dan menjalankan Islam ala ahlussunnah wal jamaah
i. Segitiga yang terbentuk dari dua bambu runcing dan kitab yang dibentangkan yang berujung pada bintang melambangkan keseimbangan antara hubungan horizontal sesama manusia dan hubungan vertikal dengan Allah Swt, keseimbangan antara dunia
dan akhirat yang akan berujung pada keberhasilan dalam mencapai cita-cita tertinggi dalam kehidupan manusia, yaitu kebahagiaan hakikij. Bintang di atas segitiga melambangkan kecemerlangan dan kejayaan, cita-cita yang hendak diraih
k. Tulisan Sekolah Tinggi Islam Sunniyyah Selo yang membentuk lingkaran adalah identitas dari STISS Grobogan sekaligus juga menjadi penanda harapan bahwa setiap orang yang terlibat dalam STISS Grobogan akan memiliki pemahaman dan pengetahuan yang komprehensif, luas, menyeluruh, bukan sepotong-potong
l. Tulisan STISS di bagian bawah yang ditulis secara mendatar dan lurus, selain merupakan identitas lembaga juga melambangkan bahwa STISS Grobogan dibangun dengan menggunakan prinsip kesamaan dan kebersamaan, dijalankan dengan niat lurus untuk mempersiapkan generasi yang tangguh.